GDR Micro Nano Fluidique

Mois : février 2020

Proposition de thèse :
Développement d’un dispositif pour l’étude in vitro de l’électroporation de structures cellulaires 3D de type sphéroïdes
Domaine et contexte scientifiques :


Le sujet proposé se positionne à l’interface entre biologie et physique. L’électroporation (EPN) est une méthode permettant d’introduire des molécules cibles (agents anti-cancers, ADN…) dans les cellules en déstabilisant temporairement leur structure membranaire à l’aide de champs électriques pulsés. Cette technique ouvre de nouvelles perspectives pour le traitement du cancer par électrochimiothérapie (ECT) [1,2] ainsi que pour la thérapie génique [3] et le criblage génétique [4]. La pleine exploitation de son potentiel requiert cependant une compréhension approfondie de l’effet des impulsions électriques sur les cellules, ce qui suppose de tenir compte de leur organisation et de leur microenvironnement. Aussi, en complément des études théoriques et expérimentales menées in vitro pour comprendre l’impact du champ électrique sur des suspensions cellulaires, les expériences effectuées sur des sphéroïdes de taille et de géométrie contrôlées peuvent apporter des informations nouvelles à l’échelle mésoscopique.
Mots-clefs : Sphéroïdes – Hydrogels – Electroporation – Microfluidique
Contacts :
Julien Marchalot, MCF Laboratoire Ampère, Département Bioingénierie
Marie Frenea-Robin, MCF Laboratoire Ampère, Département Bioingénierie
Charlotte Rivière, MCF ILM, équipe Biophysique

Objectifs de la thèse :
Le présent sujet s’inscrit dans le cadre du projet « Troposphère » mené en collaboration avec l’ILM (Lyon) et l’INRIA de Bordeaux, soutenu par le CNRS (AAP MITI Modélisation du Vivant). Il vise à développer une solution permettant la culture et le suivi de sphéroïdes de taille contrôlée, leur changement de milieu, ainsi que leur électroporation au sein d’un seul et même dispositif, grâce à la combinaison de la microfluidique, de la plastronique 3D ainsi qu’à l’utilisation d’hydrogels microstructurés. En effet, les protocoles d’EPN impliquent plusieurs étapes de manipulation délicates pouvant potentiellement endommager les sphéroïdes, d’où le besoin de développer des outils technologiques innovants offrant une plus grande facilité d’utilisation, tout en permettant un haut rendement et des résultats reproductibles.
Ecole Centrale de Lyon – INSA de Lyon –
Université Claude Bernard Lyon 1
Laboratoire Ampère
Unité Mixte de Recherche du CNRS – UMR 5005
Génie Électrique, Électromagnétisme, Automatique,
Bioingénierie


Le microsystème ainsi développé devrait permettre d’obtenir des données sur les sphéroïdes permettant de combler le gap existant entre les échelles cellulaire et tissulaire au niveau de la modélisation de l’électroporation. Il constituera un outil précieux pour l’évaluation in vitro de l’efficacité d’un traitement reposant sur l’EPN, comme nous proposons de le démontrer sur deux exemples liés à l’ECT et à la thérapie génique (extinction génique).
Le (la) candidate recruté(e) aura accès aux infrastructures des laboratoires Ampère (plateforme Bioingénierie de 150 m2) et ILM ainsi qu’à la plateforme technologique NanoLyon de l’INL.
Profil du candidat recherché (prérequis)
Compte-tenu du caractère fortement pluridisciplinaire du sujet, différents profils de candidats pourront être étudiés (biophysique, microfluidique, génie électrique, biologie cellulaire…). Un bon niveau d’anglais et de rédaction est attendu, de même qu’un goût marqué pour l’expérimentation.
Compétences qui seront développées au cours du doctorat
Le/la candidate pourra acquérir des connaissances et des savoir-faire en lien avec la simulation multiphysique, la microfluidique, les hydrogels, la microscopie confocale et le traitement d’images, ainsi que la spectroscopie d’impédance. Il (elle) aura donc un bagage fortement multidisciplinaire à l’issue de la thèse. Il (elle) sera amené(e) à travailler en équipe entre deux laboratoires et devra prendre part à certaines tâches liées à l’organisation d’une plateforme de biologie (suivi de stocks de consommables par exemple). Il (elle) sera amené(e) à présenter régulièrement ses travaux à l’oral comme à l’écrit.
Perspectives professionnelles après le doctorat
Du fait du large spectre de compétences développées, plusieurs perspectives professionnelles sont envisageables après la thèse, tant au niveau académique qu’industriel. Les principaux secteurs industriels concernés seraient ceux du biomédical et des microtechnologies appliquées à la biologie, domaines en plein essor.
Ecole Centrale de Lyon – INSA de Lyon –
Université Claude Bernard Lyon 1
Laboratoire Ampère
Unité Mixte de Recherche du CNRS – UMR 5005
Génie Électrique, Électromagnétisme, Automatique,
Bioingénierie

Financement de la thèse
Contrat doctoral de l’ED EEA (Ecole Centrale de Lyon)
Modalités de candidature
Adresser un CV et une lettre de motivation à Julien.marchalot@insa-lyon.fr Marie.robin@univ-lyon1.fr avant le 25 février 2020


Références bibliographiques

  1. Escoffre, J.-M. & Rols, M.-P. Electrochemotherapy: Progress and Prospects. Current Pharmaceutical Design 18, 3406–3415 (2012).
  2. Calvet, C. Y. & Mir, L. M. The promising alliance of anti-cancer electrochemotherapy with immunotherapy. Cancer Metastasis Rev. 35, 165–177 (2016).
  3. Lambricht, L. et al. Clinical potential of electroporation for gene therapy and DNA vaccine delivery. Expert Opin. Drug Deliv. 13, 295–310 (2016).
  4. Laperrousaz, B. et al. Direct transfection of clonal organoids in Matrigel microbeads: A promising approach toward organoid-based genetic screens. Nucleic Acids Res. 46, (2018).

ESPCI Paris
ESPCI Paris is a major institution of higher education (a French « Grande École d’ingénieurs »), an internationally renowned research center (6 Nobel Prizes), and a fertile ground of innovation for industry (3 start-ups created/year). ESPCI is a highly multidisciplinary environment with teaching and research in physics, chemistry and biology.

Prof. Andrew Griffiths’ Lab
The research activities of the Laboratory of Biochemistry at ESPCI ParisTech, directed by Prof. Andrew GRIFFITHS, are based around droplet-based microfluidics, a powerful new ultrahigh-throughput system in which reaction volumes can be miniaturized by up to a million-fold compared to conventional assays in microtitre plates. This opens up exciting prospects for the development of extremely innovative systems with many applications in the Life Sciences. The successful candidate will join a highly multidisciplinary team, with experience spanning biology, chemistry and physics.

Project
The dynamic nature of chromatin and transcriptional features are expected to participate to tumor evolution, particularly in the context of response to cancer treatment and acquisition of resistance. In triple-negative breast cancer (TNBC), we have recently revealed the heterogeneity of chromatin states in patient-derived xenografts models of acquired resistance to Capecitabine.
The Post-Doc will work on the development of droplet-based microfluidics approach for the simultaneous profiling of histone modifications and RNA expression on the very same cell.

Requirements
We are seeking a highly motivated Post-Doc with strong experience in molecular biology (scChIP-seq and RNA-seq) or related field. Experience in microfluidics, cell biology and bioinformatics are very appreciated.
Flexibility, autonomy, the ability to work in a highly multidisciplinary team and good interpersonal skills are essential.
Starting date : March 2020
Duration : 1 year renewable
Salary : according to professional experience
Address your applications (CV + cover letter) by email to:
Prof. Andrew GRIFFITHS
ESPCI Paris – Laboratory of Biochemistry
10 Rue Vauquelin – 75005 Paris

job-lbc@espci.fr

Version Française page1 / English version page 2


Contact :
Enseignement : Jérémie Grisolia, directeur du département de Génie Physique de l’INSA : grisolia@insa-toulouse.fr
Recherche : Bruno Chaudret, directeur du laboratoire : dir-lpcno@insa-toulouse.fr Laurence Ressier responsable de l’équipe Nanotech : ressier@insa-toulouse.fr


Mots clés : assemblage 3D dirigé orienté, nanoparticules colloïdales, surfaces flexibles, plasmoélectroniques, microfabrication en salle blanche, microfluidique et techniques de microscopie.


Profil enseignement
Filières de formation concernées :
Génie Physique (GP) et Département de Sciences et Techniques pour l’Ingénieur (STPI) de l’INSA de Toulouse
L’enseignant-chercheur recruté sera un physicien expérimentateur qui enseignera en physique générale, physique expérimentale et physique des matériaux au département de Génie Physique et au département STPI (Sciences et Techniques pour l’Ingénieur).

Objectifs pédagogiques :
Il devra principalement intervenir sur la plate-forme de micro-caractérisation de 4ème année et devra posséder des compétences en microscopie (électronique, à force atomique…), en techniques de caractérisation en contrôle non destructif (microscopie acoustique, radio X,…) et avoir une forte appétence pour les aspects expérimentaux de la formation.
L’enseignant-chercheur prendra également part à la mise en place d’enseignements aux approches pédagogiques variées (apprentissage par projet, utilisation des TICE….). Il pourra également enseigner en Anglais.

Profil recherche
Laboratoire d’accueil (intitulé en français et en anglais) : Laboratoire de Physique et Chimie des Nano-Objets / Laboratory of Physics and Chemistry of Nano-objects
Type (UMR, EA, JE, ERT) et N°
UMR 5215
Nombre d’enseignants-chercheurs
15
Nombre de chercheurs 3

Equipe ou unité de recherche prévue : Nanotech
Physicien expérimentateur en nanotechnologies à l’interface Physique/Chimie, la personne recrutée développera des méta nano-matériaux innovants combinant diverses propriétés physiques (magnétiques, optiques, de transport…). Ces méta nano-matériaux seront élaborés par assemblage dirigé 3D et orienté de plusieurs types de nanoparticules colloïdales sur des surfaces rigides ou souples. Un accent particulier sera mis sur l’étude fine des mécanismes physico-chimiques à l’origine de ces assemblages. Ces méta nano-matériaux pourront notamment être étudiés pour des applications émergentes en plasmo-électronique ou d’autres nano-dispositifs fonctionnels tels que des capteurs intelligents.
Les techniques de micro-fabrication en salle blanche, de microfluidique et de microscopies seront mises à profit et combinées pour élaborer et caractériser in situ ces méta nano-matériaux.


Autres activités
L’activité de la personne recrutée s’insèrera dans un travail d’équipe quel que soit le niveau d’enseignement concerné. Chaque équipe est pilotée par un coordonnateur et la personne recrutée devra donc rapidement occuper une de ces responsabilités (responsabilité d’UF, de projet, d’année). Enfin, la personne recrutée pourra être amenée à assumer des responsabilités administratives et collectives au niveau du département de Génie Physique de l’INSA.



Keywords :

3D directed and oriented assembly, colloidal nanoparticles, flexible surfaces, plasmoelectronics, cleanroom microfabrication, microfluidics and microscopy techniques


Teaching fields
Training courses concerned:
Physical Engineering (GP) and Department of Science and Technology for Engineers (STPI)
The recruited lecturer will be an experimental physicist who will teach in general physics, experimental physics and materials physics in the Department of Physical Engineering and in the STPI (Science and Technology for Engineers) department.


Educational objectives:
He will mainly work on the 4th year micro-characterization platform and will have skills in microscopy (electronics, atomic force…), characterization techniques in non-destructive testing (acoustic microscopy, X-ray,…) and have a strong appetence for the experimental aspects of the training.
The lecturer will also take part in the implementation of courses with a variety of pedagogical approaches (project-based learning, use of TICE, etc.). He will also be able to teach in English.

Job profile
Associated Laboratory : Laboratory of Physics and Chemistry of Nano-objects
Associated Research team : Nanotech
Experimental physicist in nanotechnologies at the Physical/Chemistry interface, the recruited person will develop innovative meta nanomaterials combining various physical properties (magnetic, optical, transport, etc.). These meta nanomaterials will be developed by 3D directed and oriented assembly of several types of colloidal nanoparticles on rigid or flexible surfaces. Particular emphasis will be placed on the detailed study of the physico-chemical mechanisms behind these assemblies. These meta nanomaterials could be studied for emerging applications in plasmo-electronics or other functional nano-devices such as intelligent sensors.
Cleanroom microfabrication, microfluidics and microscopy techniques will be used and combined to develop and characterize these meta nanomaterials in situ.

Other activities
The applicant should show her/his capabilities to work in a research team and setup links between experiments and modelling and within the fields of Nanotech LPCNO research team. In addition, she/he will develop collaborative research projects with public (French ANR, FUI, European projects) or private (industrial) funding. The candidate will show spirit of initiative and a real capacity of communication and animation. A particular importance will be granted to candidate excellence and to her/his research and integration projects in the laboratory.